Para cumprir seu papel de agrupar competências científicas multidisciplinares e, ao mesmo tempo, permitir focar no desenvolvimento de projetos, eventos e cursos de especialização e extensão, o NIMA se estrutura a partir de iniciativas baseadas em nove Grupos de Pesquisa oriundos de diferentes departamentos da universidade que agem de forma independente e interrelacionada buscando o desenvolvimento de soluções consistentes dentro da perspectiva da sustentabilidade do ambiente.

• NIMA-Jur - Direito Ambiental
• NIMA-Edu - Educação Ambiental
• CCI - NIMA (Climate Change Initiative)
• Universidade Sustentável
• LILD - Laboratório de Investigação em Living Design
• Geotecnia Ambiental
• Estudos do Lugar
• GeTERJ - Grupo de Pesquisa Gestão Territorial no Estado do Rio de Janeiro

Apoiados pela equipe administrativa, responsável pela gestão funcional do Núcleo, estes grupos representam, cada um, diversos setores da Universidade.